من القصص الأخرى المتداولة بين الناس هو أن المسجد كان مبنياً بطريقة القبب وليس بالطريقة المألوفة والمشهورة في المنطقة والمعروفة بالبناء العربي “سقف خشبي”.
بُني المسجد على الطريقة العربية السائدة في البلد عام 1956 م، على نفس المساحة السابقة على أقل تقدير، بواسطة أشهر وأمهر المقاولين في ذلك الوقت، وتحت إشراف المرحوم محمد تقي آل سيف.
نظام البناء بالقبب هي طريقة قديمة معروفة ومشهورة لدى العثمانيين، خاصة في المناطق العامة كالحمامات التركية وبناء المساجد وأماكن العبادة، والتي تعطي قرينة على أن بناء مسجد الخضر قد تأثر بوجود الدولة العثمانية قبل بنائه بالطريقة.
لماذا بني المسجد بطريقة القبب؟ ما هي الفترة التي بني فيها المسجد بطريقة القبب؟ وتحت إشراف من؟ ومن المتبني لفكرة البناء بهذه الطريقة؟ وهل اختيار هذه الطريقة تميزاً من غيره من المساجد لخصوصية في المسجد.
هناك أسئلة كثيرة تطرح، ولكن من المعلوم أن طريقة البناء المقببة ليست مشهورة ومشاعة كطريقة بناء في المنطقة لا في البيوت ولا في المساجد، ولو كانت موجودة لتوارثها البناؤون على مر الزمان في المساجد ودور العبادة على أقل تقدير، ولكن يبدو أن الفكرة والطريقة خارجية وغير مألوفة، وأن المتبني للبناء هو من أصحاب السلطة وفقط في الأماكن الهامة للدولة والناس.
فالعثمانيون دخلوا المنطقة من عام 1550م إلى أن فروا منها عام 1913 م، وكانت لهم بصمات كثيرة في كل منطقة دخلوها واستقروا فيها، ومثال على ذلك في منطقتنا حمام أبو لوزة في القطيف، الذي أعادت الدولة العثمانية ترميمه بلمسة تركية مختلفة عن البناء السابق، وذلك لأهمية الحمام للناس والسلطة في ذلك الزمان.
طريقة البناء بالقبب لا يختلف عليها اثنان، إنها طريقة غير محلية، وبناءً على كل المعطيات المذكورة، إنها طريقة عثمانية تبنى فيها المناطق المهمة والعامة، ومسجد الخضر واحد منها، وهذا دليل على أهمية المسجد الدينية للناس والسلطة في ذلك الزمان.
للموضوع تتمة وقصة أخرى متداولة.